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巨桉茎叶组织miRNA和lncRNA的鉴定与分析

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巨桉茎叶组织miRNA和lncRNA的鉴定与分析
论文目录
 
摘要第1-6页
abstract第6-9页
英文缩略词或符号表第9-12页
1 前言第12-17页
 1.1 非编码RNA第12-14页
  1.1.1 miRNA的研究进展第12-13页
  1.1.2 lncRNA的研究进展第13-14页
 1.2 巨桉物种简介第14页
 1.3 高通量测序技术第14-15页
 1.4 关于MIR396家族第15-16页
 1.5 研究目的与意义第16-17页
  1.5.1 研究目的第16页
  1.5.2 研究意义第16-17页
2 材料与方法第17-29页
 2.1 材料第17-18页
 2.2 实验方法第18-29页
  2.2.1 smallRNA高通量测序第18-19页
  2.2.2 miRNA预测第19-20页
  2.2.3 miRNA的碱基偏好性和家族分析第20页
  2.2.4 miRNA靶基因的预测和GO分析第20页
  2.2.5 叶和茎中差异表达miRNA的筛选和对靶基因做KEGG分析第20页
  2.2.6 MIR396家族定量分析第20-23页
  2.2.7 lncRNA高通量测序第23页
  2.2.8 lncRNA预测第23-25页
  2.2.9 lncRNA靶基因预测第25页
  2.2.10 叶和茎中差异表达lncRNA的筛选和对靶基因做GO和KEGG分析第25页
  2.2.11 lncRNA定量分析第25-28页
  2.2.12 茎中lncRNA与miRNA之间关系的分析第28页
  2.2.13 实验设计与数据处理第28-29页
3 结果与分析第29-58页
 3.1 smallRNA高通量测序结果第29页
 3.2 miRNA的预测第29-31页
 3.3 miRNA序列分析和MIR396家族分析第31-36页
  3.3.1 长度分析第31页
  3.3.2 碱基偏好性分析第31页
  3.3.3 MIR396家族分析第31-36页
 3.4 miRNA靶基因的预测和GO分析第36-37页
 3.5 叶和茎中差异表达miRNA的筛选和对靶基因做KEGG分析第37-40页
 3.6 lncRNA高通量测序结果第40页
 3.7 lncRNA预测第40-41页
 3.8 lncRNA序列分析,分类及定量检测第41-43页
 3.9 lncRNA靶基因预测第43-44页
 3.10 叶和茎中差异表达lncRNA的筛选和对靶基因做GO和KEGG分析第44-56页
  3.10.1 差异表达lncRNA的筛选和分析第44-45页
  3.10.2 差异表达lncRNA的靶基因的功能注释和富集分析第45-56页
 3.11 茎中miRNA与lncRNA的关系预测第56-58页
4 讨论与结论第58-61页
 4.1 讨论第58-59页
  4.1.1 巨桉MIR396家族的功能预测分析第58页
  4.1.2 miRNA与lncRNA的作用关系分析第58-59页
 4.2 结论第59-61页
致谢第61-62页
参考文献第62-67页
附表1 叶和茎中miRNA命名以及对应miRNA家族成员命名第67-83页
附表2 lncRNA命名及在基因组中scaffold上的位置第83-103页
附表3 miRNA相对荧光定量PCR引物第103-104页
附表4 lncRNA相对荧光定量PCR引物第104页

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