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广东省园林植物肾形肾状线虫分子特征及分子检测技术的研究

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广东省园林植物肾形肾状线虫分子特征及分子检测技术的研究
论文目录
 
摘要第1-5页
abstract第5-7页
缩写词及中英文对照第7-11页
1 前言第11-19页
 1.1 肾状线虫的种类第11-12页
 1.2 肾形肾状线虫的寄主范围和危害第12-14页
  1.2.1 肾形肾状线虫的寄主范围第12页
  1.2.2 肾形肾状线虫的危害第12-14页
 1.3 肾状线虫的鉴定方法第14-18页
  1.3.1 肾状线虫形态鉴定特征第14-15页
  1.3.2 基于DNA的分子鉴定第15-18页
   1.3.2.1 DNA靶标序列的选择第15-16页
   1.3.2.2 分子鉴定技术与方法第16-18页
    1.3.2.2.1 多重PCR第16页
    1.3.2.2.2 实时荧光定量PCR第16-17页
    1.3.2.2.3 环介导等温扩增第17-18页
    1.3.2.2.4 限制性内切酶片段长度多态性第18页
 1.4 研究目的与意义第18-19页
2 材料与方法第19-37页
 2.1 材料第19-21页
  2.1.1 供试线虫种群及来源第19页
  2.1.2 主要试剂和试剂盒第19页
  2.1.3 主要设备第19-20页
  2.1.4 主要数据库和软件第20-21页
 2.2 方法第21-37页
  2.2.1 线虫模板DNA的制备第21页
  2.2.2 供试线虫的分子测序鉴定第21-24页
   2.2.2.1 rDNA-ITS区和28SrDNA-D2D3区的扩增第21-22页
   2.2.2.2 mtDNA-COI区的扩增第22页
   2.2.2.3 PCR产物的连接、转化第22-23页
   2.2.2.4 DNA序列测定第23-24页
  2.2.3 系统发育树构建第24-27页
  2.2.4 实时荧光定量PCR体系的构建第27-32页
   2.2.4.1 引物的设计第27页
   2.2.4.2 引物退火温度的优化第27-28页
   2.2.4.3 实时荧光定量PCR特异性检测第28-30页
   2.2.4.4 实时荧光定量PCR灵敏性检测第30-31页
   2.2.4.5 标准曲线的构建第31页
   2.2.4.6 混合线虫样品的检测第31页
   2.2.4.7 田间土壤样品的检测第31-32页
  2.2.5 环介导等温扩增体系的构建第32-37页
   2.2.5.1 引物的设计第32页
   2.2.5.2 环介导等温扩增体系第32-33页
   2.2.5.3 环介导等温扩增产物检测第33页
   2.2.5.4 引物反应温度的优化第33页
   2.2.5.5 反应时间优化第33-34页
   2.2.5.6 环介导等温扩增特异性检测第34-36页
   2.2.5.7 环介导等温扩增灵敏性检测第36-37页
3 结果与分析第37-54页
 3.1 园林植物上肾形肾状线虫的分子特征第37-41页
  3.1.1 rDNA-ITS区的分子特征第37-39页
   3.1.1.1 rDNA-ITS区分子序列特征分析第37页
   3.1.1.2 rDNA-ITS区分子系统发育分析第37-39页
  3.1.2 28 SrDNA-D2D3区的分子特征第39-41页
   3.1.2.1 28 SrDNA-D2D3区分子序列特征分析第39页
   3.1.2.2 28 SrDNA-D2D3区分子系统发育分析第39-41页
  3.1.3 mtDNA-COI区的分子特征第41页
   3.1.3.1 mtDNA-COI区分子序列特征分析第41页
   3.1.3.2 mtDNA-COI区分子系统发育分析第41页
 3.2 实时荧光定量PCR体系的构建第41-49页
  3.2.1 退火温度优化结果第41页
  3.2.2 实时荧光定量PCR特异性分析第41-46页
  3.2.3 实时荧光定量PCR灵敏性分析第46-47页
  3.2.4 标准曲线的构建第47-48页
  3.2.5 混合线虫样品的检测结果第48页
  3.2.6 田间土壤样品检测结果第48-49页
 3.3 环介导等温扩增体系的构建第49-54页
  3.3.1 反应温度优化结果第49-50页
  3.3.2 反应时间优化结果第50页
  3.3.3 环介导等温扩增特异性检测结果第50-52页
  3.3.4 环介导等温扩增灵敏性检测结果第52-54页
4 结论与讨论第54-59页
 4.1 结论第54页
 4.2 讨论第54-57页
 4.3 本研究的创新之处第57页
 4.4 本研究有待进一步解决的问题第57-59页
致谢第59-60页
参考文献第60-69页
附录 A 本论文中所用的引物信息第69-70页
附录 B 肾形肾状线虫PCR扩增测序结果第70-73页
附录 C 环介导等温扩增外引物F3/B3扩增测序结果第73页

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